O pedágio é a principal forma de remuneração das concessionárias pelos investimentos feitos na malha viária concedida, tais como obras de modernização, serviços e manutenção. Essa forma universal de remuneração é também a mais justa, pois só paga quem efetivamente utiliza as rodovias e não a sociedade como um todo.
O programa de investimentos da Rota das Bandeiras prevê recursos destinados a obras de manutenção, recuperação e modernização das rodovias do Corredor Dom Pedro durante os 30 anos da concessão, sendo que R$ 4 bilhões já foram realizados até dezembro/2023. Esses investimentos são custeados pela receita das praças de pedágio.
A receita do pedágio também é destinada aos serviços de atendimento ao usuário (central 0800, socorros médico e mecânico, bases de apoio, inspeção, etc.) e à manutenção e reaparelhamento da Polícia Militar Rodoviária.
Além disso, 5% da receita operacional das praças de pedágio são destinados às prefeituras dos municípios com território cortado pelas rodovias que integram o Corredor Dom Pedro e outros 1,5% à ARTESP (Agência de Transporte do Estado de São Paulo), responsável pela fiscalização dos serviços prestados pela Concessionária.